综合科：负责协调支队日常工作、对外联络和接待工作；负责全市农业综合执法信息化建设及统计工作；负责支队行政处罚案件初审工作；做好执法装备等固定资产管理工作。
执法一大队：承担农业、农机领域法律法规直接赋予市本级和上级安排市本级承担的执法职责；负责该领域上级指定重大案件及辖区内跨区域和具有全市影响的复杂案件的组织查处；承办市农业综合执法支队交办的其他事项。
执法二大队：承担畜牧、水产领域法律法规直接赋予市本级和上级安排市本级承担的执法职责；负责该领域上级指定重大案件及辖区内跨区域和具有全市影响的复杂案件的组织查处；承办市农业综合执法支队交办的其他事项。
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